Η Μύκονος βρίσκεται στις βορειοανατολικές Κυκλάδες και απέχει 94 ναυτικά μίλια από τον Πειραιά και 71 από τη Ραφήνα. Πολύ κοντά στη Μύκονο βρίσκονται η Δήλος και η Ρήνεια, δύο επισκέψιμα νησιά με έντονο αρχαιολογικό ενδιαφέρον. Η έκτασή της ανέρχεται στα 88 τ.χλμ. ενώ το μήκος των ακτών της φτάνει τα 88,7 χλμ. Παρόλο που δεν υπάρχουν βουνά, το νησί δεν είναι επίπεδο καθώς διαθέτει βραχώδεις όγκους, με υψηλότερη κορυφή αυτή του Προφήτη Ηλία του Βορνιώτη σε υψόμετρο 372 μέτρων.
Το νησί είναι άνυδρο, με ελάχιστη βλάστηση και λίγες καλλιέργειες, σε περιοχές όπου το επιτρέπει το πετρώδες έδαφος. Το κλίμα στο νησί είναι ήπιο μεσογειακό, με λίγες βροχοπτώσεις και ηλιοφάνεια 300 μέρες το χρόνο, κατά μέσο όρο, ενώ το καλοκαίρι τα μελτέμια (βόρειοι-βορειοανατολικοί άνεμοι που πνέουν τον Ιούλιο και τον Αύγουστο) κάνουν τη ζέστη πιο υποφερτή κρατώντας το νησί δροσερό. Η θάλασσα, το κλίμα και το φυσικό τοπίο οδήγησαν στην μεγάλη τουριστική ανάπτυξη της Μυκόνου, με την οικονομία της να στηρίζεται στον τουρισμό, κατά ένα ποσοστό που αγγίζει το 80%.